Malta tarihi bugünkü Malta Cumhuriyeti topraklarının tarih öncesi dönemlerden günümüze kadar uzanan tarihini kapsar.
Malta'da ilk yaşayan insan belirtileri Yeni Taş Çağına dayanmaktadır. Yeni Taş Çağı insanlarının varoluş kanıtlarına Malta'nın güneyinde, Birzebbuga'nın yakınındaki Ghar Dalam mağarasında rastlanmaktadır. Arkeologlar bu bölgede önceki dönemlerden kalma geyik, hipopotam ve bodur fillerin kalıntılarını da keşfetmişlerdir. Bu kalıntılar, Malta'nın günümüz Avrupa ve Afrika kıtalarına bağlı olduğu dönemlere aittir. Takip eden koloniler, büyük ihtimalle Sicilya'dan geldikleri tahmin edilen, tapınak inşa eden ırklar (topluluklar) getirmişlerdir. O dönem yaşamış olan Maltalılar, binlerce yıldan sonra bile bugün hala ayakta kalabilmeyi başarmış, hayat tarzları ve medeniyet düzeyleri hakkında bizleri hayrete düşüren yapılar bırakmışlardır.
Araştırmacılar Ggantija'da (Gozo) bulunan tapınakların yeryüzünün en eski, tek başına ayakta durabilen abideleri olarak nitelendirmektedirler. Restorasyon çalışmaları nedeniyle geçici olarak kapalı olan Paola'daki Hypogeum, tarih öncesi dönem mühendisliğinin olağanüstü başarısının bir göstergesi olarak, kayalardan oyulmuş odalar ve labirent geçişleriyle türünün tek yeraltı tapınağıdır. Diğer tapınaklar Mnajdra, Hagar Qim, Tarxien görülmeye değer pek çok yer gibi Malta'nın Kutsal Ada oluşu teorisini doğrulamaktadır.
MÖ 800 ile MS 870 yılları arasında Malta, adadaki varlıklarına dair belirgin izler bırakan ve art arda gelen uygarlıkların beşiği olmuştur. MÖ 8. yüzyılda Fenikelilerin adaya gelmesi tarih öncesi çağların sona ermesi ve Malta'nın tarih sayfalarına girmesinin müjdecisi olmuştur. Yeni hükümdarlarının ticari becerileri sayesinde Akdeniz komşularıyla artan ilişkiler ve ticaretin getirdiği yararlarla Malta Adaları'nın yalnızlığı da sona ermiştir. Fenikelilerin bölgedeki hakimiyeti MÖ 5. yüzyılda yavaş yavaş sönmeye başlamış ve yerini onları takip eden Kartacalılara bırakmıştır. Kartacalılar MÖ 480 dolaylarında Malta'yı devralmış ve yaklaşık iki yüzyıl hakimiyetlerini sürdürmüşlerdir.
MÖ 218 yılında Malta Adaları, bölgeye baştan başa yayılarak büyük bir imparatorluk olan Romalıların bir parçası olmuştur. Romalılar döneminde meydana gelen en önemli olay ise hiç şüphesiz MS 60'daki St.Paul gemi kazası ve akabinde de yerel nüfusun yeni bir din olan Hristiyanlığa geçmesidir. MS 4. yüzyılın sonlarına doğru Malta Doğu Roma İmparatorluğu'nun hakimiyetine geçmiştir. Malta'da 375 yıl süren Bizans dönemi, MS 870 yılında adayı ele geçiren Kuzey Afrikalı Berberi kuvvetlerinin ortaya çıkmasıyla sona ermiştir.
836 yılında Malta Takımadaları'na akın etmeye başlayan Kuzey Afrikalı Araplar, 869 yılında neredeyse adayı ele geçirmeyi başarmışlardı ama Bizanslılar tarafından geri çekilmek zorunda bırakıldılar. Ancak Sicilya'nın hemen yanından filolarını göndererek Hristiyan kuvvetlerinin üstesinden gelmeyi başardılar ve adalar 870 yılında Arapların eline geçti.
Arapların yaklaşık iki yüzyıl boyunca Malta'da sürdürdükleri hakimiyetleri süresince geliştirdikleri yeni tarım ve sulama sistemleri, pamuk ve narenciye gibi ürünlerle adaya refah ve huzuru getirmiştir. Fakat Arap hakimiyetinden kalan en temel miras, kökleri bakımından Arapça'ya çok yakın olan Maltaca'dır. Bu etki Malta ve Gozo'daki pek çok kasaba ve köyün isminde de görülmektedir: Mdina, Mqabba, Ghajnsiele, Rabat, Xaghra, Zejtun ve Zurrieq.
Arap egemenliği 1090 yılında Normanların istilası ve adayı fethetmesiyle sona ermiş ancak Arap kültürünün etkileri 13. yüzyılın sonlarına kadar devam etmiştir. Norman dönemi nispeten kısa sürmüştür ve bu dönemden sonra Malta art arda gelen çeşitli devletlerin egemenliği dönemine girmiştir: Almanlar,Fransızlar ve İspanyollar. Bunların tamamı 1530 yılında St.John Şövalyelerinin adaya gelmeleriyle son bulmuştur.
Neolitik dönemden yüzlerce yıl sonra 1530 yılında adaya gelen St.John'un emrindeki şövalyeler beraberlerinde bambaşka, zengin bir kültür getirdiler. St. John şövalyelerinin tarihi, 11. yüzyılın ortalarında başlar. Şövalyelerin gerçek görevi, savunma yapmak, Hristiyan hacılara kutsal topraklara kadar refakat etmek ve zor durumda olan insanlara yardımda bulunmaktı. Fakat daha sonraları amaçları değişti. Hristiyan olmayanlara saldırmak en büyük görevleri haline geldi. Şövalyeler Hristiyanlık dininin askerleri durumuna geldiler. Kutsal topraklardaki bütün kaleleri, büyük arazileri, her şeyi ele geçirdiler ve bir donanma kurdular.
1291'de Müslümanların gelişiyle, şövalyelerin kaderi değişti. Rodos'u geri alarak Türklere karşı iki yüzyıl mücadele ettiler ama 1522'de Kanuni Sultan Süleyman Rodos'u ele geçirerek, şövalyeleri adanın dışına sürdü. Yeni bir vatana ihtiyaç duyan şövalyeler 1530'da Kutsal Roma İmparatoru V. Karl'ın verdiği imtiyazlarla Malta'ya yerleştiler. Gelir gelmez ticareti ve sosyal ilişkileri geliştirmeye başladılar, yeni hastaneler yaptılar, en önemlisi de adada güçlü bir kalkınma hareketi başlattılar. Fakat Kanuni Sultan Süleyman, Avrupa'nın geçiş yolları üzerinde bulunan Malta'yı da imparatorluk sınırlarına katmak istiyordu. 1565'te güçlü bir donanma ile Malta'ya geldi ve kuşatma başlattı. Kuşatma 4 ay kadar sürdü. Sonunda Sicilya'dan gelen yardımla şövalyeler galip geldiler. Şövalyeler bu savunmayla Güney Avrupa'nın ve Hristiyanlık aleminin güvenini kazandılar. Osmanlılara karşı kazanılan bu zaferden sonra, Malta ve Gozo'yu büyük bir şevkle geliştirmeye başladılar. Adalar, bu dönemde mimarlık, sanat ve kültür açısından altın devrini yaşadı. Malta'daki pek çok görkemli yapı bu dönemin eserlerindendir.Valletta şehri, ismini şövalyelerin büyük ustası Jean Parisot De La Vallette'den almıştır. Valletta en erken dönem raylı sistemin kullanıldığı şehirlerden biridir.
Malta'daki Fransız hakimiyeti kısa ve inişli çıkışlı olmuştur. 1798'de adaya gelen Napolyon Bonapart'ın askerleri adalılar tarafından başta iyi karşılanmışlardı. Buna rağmen St. John şövalyeleri tarafından,Fransa'dan gelen devrimci fikirler nedeniyle hiç sevilmediler. Yeni hakimlerin getirdiği radikal değişiklikler hala kilise ve soylular tarafından yönetilen ve her iki kuruma da sadık yerlilerin gözüne fazla göründü. İlkokulların kurulması ve bunun gibi olumlu yasalar bunu kiliseye karşı bir hareket olarak nitelendiren halkta dengesizlikler yarattı.
Eylül 1800'de Malta'nın Fransa'dan özgürlüğüne kavuşmasına yardımcı olmaya gelen İngiliz kuvvetlerinin kuşatmasına kadar Fransızlar gelişlerinden 3 ay sonra ayaklanan halk tarafından Valletta ve Three Cities'in gerilerine sürülmüş ve orada kalmışlardır. Böylece Büyük Britanya filosu Grand Harbour'a girmiş ve 1.5 yüzyıl oradan ayrılmamıştır. Britanya hakimiyetinin Malta tarihinde önemi büyüktür. Fransızların kovulması için Maltalılara yardım eden İngilizler kendilerini adanın hakimi olarak buldular fakat başta toprakları ellerinde tutup tutmamakta tereddütlüydüler.
1802'de yapılan bir anlaşmayla Malta'nın St. John düzenine geri dönmesine karar verilmiş ancak halk eski hükümdarlarına geri dönme taraftarı olmamış ve İngiliz himayesi altında kalmak istemiştir. 1814 Paris Anlaşması'yla Britanya İmparatorluğu'na katılan Malta, Birleşik Krallık için Doğu'ya bir atlama taşı olarak stratejik önemini korumuştur. 21 Eylül 1964 yılında bağımsızlığını ilan eden Malta'da İngiliz kuvvetleri 31 Mart 1979 tarihine kadar varlıklarını korumuşlardır..
Malta, 1964'te bağımsızlığını kazanmasının ardından Milliyetçi Parti yönetimine geçmiş, aynı yıl İngiliz'lerle yapılan bir anlaşmayla,İngiltere'nin askerlerini beş yıl içinde geri çekmesi kararlaştırılmış,1965'te de Avrupa Konseyi'ne üye olmuştur.
1971 seçimlerinde İşçi Partisi iktidara gelmiş ve hükûmeti İngiliz egemenliğine karşı mücadele eden Dominic Mintoff kurmuştur. Yeni hükûmet dış politikada köklü değişikliklere gitmiş, Amerikan savaş gemilerinin Malta'ya uğraması yasaklanmış, Libya ile iyi ilişkiler kurulurken, Sovyetler Birliği ve Çin'e yaklaşılmış, bu durum NATO'nun yapmayı vadettiği yardımın üçte ikisini, Birleşik Krallık'ın da geri kalanını ödemesini sağlamıştır. İç politikada 18 yaşındaki gençlere oy hakkı verilmiş, eşit işe eşit ücret ilkesi benimsenmiş ve 1974'te Birleşik Krallık adına bir vali tarafından yönetilen Malta'da cumhuriyet ilan edilmiş devlet başkanlığına Antony Joseph Mamo seçilmiştir.
1976 seçimlerinde devlet başkanlığına Anton Buttigie getirilmiş, genel seçimlerde İşçi Partisi iktidarını korumuştur. Başbakanlık görevini sürdüren Dominic (Dom) Mintoff, Arap ülkelerine daha yakın bir politika izleyerek, Avrupa ile Arap ülkeleri arasında bir köprü olmaya çalışmış, Arap ülkelerinden Libya ve Cezayir, Batı ülkelerinden İtalya ve Fransa'nın Malta'nın tarafsızlığını garanti etmelerini sağlamak istemiştir.
1979'da, İngiliz askeri üsleri boşaltılmış, NATO'dan alınmış borçların ödenebilmesi için Fransa ve Çin'e başvurulmuş ve Çin'den alınan yardım giderek artmıştır. 1980'de Libyalı danışmanlar ülkeden sınır dışı edilmiş, ardından, İtalya ile Malta'nın tarafsızlığını gerekirse askerle korumayı güvenceye alan bir savunma antlaşması imzalanmıştır. 1981'de de eski NATO sarnıçlarından Sovyetler Birliği'ne yararlanma hakkı verilmiştir. Aynı yıl yapılan seçimlerde İşçi Partisi, Milliyetçi Parti'den daha az oy almasına karşın, seçim sisteminin sonucu iktidarını sürdürmüş, ancak 1987 Mayıs'ında yapılan seçimleri kazanan Milliyetçi Parti 14 yıllık İşçi Partisi iktidarına son vermiştir.
Malta 1 Mayıs 2004'te Avrupa Birliği'ne tam üye olmuştur. 1 Ocak 2008'de de Avro Alanı'na dahil olmuştur.